Jonathan was de oudste zoon van Saul, de eerste koning van Israël.
Hij was in het leger van zijn vader Saul een belangrijk legeraanvoerder. Jonathan raakte later bevriend met Sauls aangewezen opvolger: David (1 Sam. 18:1, 3; 20:17).
Toen er een conflict ontstond tussen Saul en David, koos Jonathan in het geheim partij voor David en redde daarmee het leven van David.
Jonathan kwam gelijk met Saul en zijn broers Abinadab en Malkisua om het leven bij een oorlog tegen de Filistijnen. Dit wordt bezongen in het Klaaglied van David over Saul en Jonathan (2 Sam. 1:19-27).
Regelmatig wordt door liberale theologen gesteld dat er tussen David en Jonathan een homofile relatie was. Dit baseren ze op teksten waar wordt gezegd dat Jonathan David beminde hem als zijn ziel (1 Sam. 18:1, 3; 20:17), deze uitdrukking houdt in dat Jonathan "had hem lief als zichzelf", met andere woorden: er was grote vriendschap tussen de twee. Dit heeft dan ook niets met een seksuele relatie te maken. Ook een tekst in het Klaaglied van David over Saul en Jonathan "Ik ben benauwd om jou, mijn broeder Jonathan! Je was mij zeer lief; je liefde was mij wonderlijker dan de liefde van vrouwen" (2 Sam. 1:26) moet men in zijn context lezen, daar dit klaaglied een groot chiasme (cf. 1 Sam. 1:19) is waarbij deze tekst contrasteert met vers 20 waar de Filistijnse vrouwen zich verheugen.